La intervención en la planta baja permitirá recuperar el aspecto original del pasillo de las aulas, sumando dos aulas y una más polivalente a las dos existentes, además, de la sala para conferencias Carolina Coronado. Toda la zona de aulas se climatizará con suelo radiante.
Para facilitar la accesibilidad, en el pasillo central se dispondrá de dos ascensores: el de la izquierda permitirá la movilidad desde el sótano, parando en cada una de las plantas, hasta llegar al comedor en el tercer piso. El de la derecha será un ascensor "de camilla", dará acceso a todas las plantas, incluida la cuarta, donde se encuentran las dependencias de la comunidad de religiosas que atiende el seminario. Dispondrá, además, de un doble acceso, permitiendo el paso al pabellón trasero (capilla mayor y capilla intermedia y biblioteca).
La intervención en el sótano permite ampliar las dependencias del Archivo Histórico Diocesano y posibilitará el acceso de investigadores al fondo bibliográfico del mismo seminario.
Una rampa y el ascensor permitirán el acceso de personas con movilidad reducida a todas las plantas del seminario.
Las grandes novedades serán que cada habitación dispondrá de su propio cuarto de baño, por lo que el número de habitaciones se reducirá en la planta a 17, de las 21 existentes antes de la reforma, y el acceso desde Pinilla: un ascensor y escaleras que permitirán llegar a la biblioteca directamente. El muro que ahora no permite ver la fachada posterior se sustituirá por una valla.
Se habilita, además, una capilla en el ala posterior del edificio, con acceso por las escaleras centrales. Estas escaleras antes de la reforma daban a las dependencias del rector y a un cuarto trastero, que ahora se convertirá en el vestíbulo de la capilla.